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As finalidades da FUNAPE, conforme estatuto são: promoção e apoio à pesquisa científica, tecnológica, filosófica e artística em todos os seus aspectos e fases; exercícios de atividades científicas, culturais e artística; divulgação de trabalhos científicos e artísticos de reconhecido valor; participação no processo de desenvolvimento do país estimulando trabalho de pesquisa; apoio à formação de recursos humanos para a ciência, tecnologia e artes; e prestação de serviços técnicos e científicos à comunidade.

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